La bandera está conformada por un círculo que simboliza el universo Jaibaná, rodeado por puntos de colores que representan la diversidad de estudiantes que gira en torno a ese universo, dos franjas de colores: verde y sepia que representan el amor a la naturaleza y la identidad con nuestras raíces indígenas. El asta de madera está cubierta por siete cintas de colores como símbolo de la unión y el respeto a la diferencia.